Khi khoáng pyrit trong đất phèn tiềm tàng bị ôxi hóa hoàn toàn để hình thành khoáng jarosit ở đất phèn hoạt động thì cứ 1 mol FeS2 khi bị ôxi hóa sẽ sản sinh ra 4 mol ion H+. Do có sự gia tăng nồng độ H+ nhiều như thế nên có sự gia tăng độ chua trong đất. Môi trường đất lúc bấy giờ có pH khá thấp, thông thường pH = 3,5. Tuy nhiên, ở một vài nơi có điều kiện rửa phèn khá tốt, có thể có giá trị pH cao hơn (pH = 3,7 hoặc 3,9).

Trong môi trường đất có giá trị pH < 3,5, phần lớn các ion Fe3+ và Al3+ trong hợp chất hydroxit Fe và Al đều bị hòa tan và dễ dàng gây độc cho cây trồng lẫn nguồn thủy sản. Một khi giá trị pH được nâng lên khoảng bằng 4 thì sắt (Fe) bị cố định và độc chất quan trọng nhất trong môi trường này chủ yếu là do nhôm (Al) hòa tan. Có lẽ vì thế mà người nông dân lo ngại phèn lạnh (do Al) hơn là phèn nóng (do Fe) vì sử dụng nước và vôi để rửa phèn và nâng pH vượt qua khỏi giá trị 5 trong đất phèn hoạt động nặng là công việc không dễ dàng trong một khoảng thời gian ngắn.

Các độc chất trong đất phèn hoạt động chủ yếu là hợp chất chứa sắt (Fe), nhôm (Al) và sulfat (SO42-). Tuy nhiên, không phải bất cứ lúc nào tất cả các hợp chất này đều gây độc cho thực vật và thủy sinh vật trên vùng đất phèn mà nó tùy thuộc vào môi trường đất vốn thay đổi theo mùa hoặc do bởi những yếu tố tác động khác.